L'automédication est déconseillées aux femmes enceinte. Cette pratique exposerait le fœtus aux risques de malformation congénitale, voire de de fausse-couche.

Certains  médicaments utilisés contiennent de l'ibuprofène, un anti-inflammatoire non stéroïdien déconseillé pour les enfants de moins de 12 ans.

D'autres médicament contiennent l'aspirine (acide acétylsalicylique), dont  l'utilisation est contre-indiquée au troisième trimestre parce qu'il exerce des effets vasoconstricteurs au niveau des reins et peut conduire à une insuffisance rénale ou encore à des troubles de l'appareil cardio-pulmonaire.

Le Centre régional de pharmacovigilance de Toulouse a mené une enquête auprès de 200 femmes enceintes. Environ 15 % d’entre auraient recours à l'automédication, selon la revue Prescrire.

L'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé (Afssaps) estime que certains effets secondaires dramatiques seraient associés à ces médicaments, notamment des cas de toxicité foetale ou néonatale grave, qui ont entraîné des "morts foetales in utero, des morts néonatales, des atteintes rénales et/ou cardio-pulmonaires néonatales".